Từ năm 2006 thực hiện chế độ Chính ủy, Chính trị viên trong Quân đội. Tổ chức Đảng bộ của Cục Hậu cần như sau:

• Đảng bộ Tổng cục Kỹ thuật là cao nhất.
• Đảng bộ Cục Hậu cần thuộc Đảng bộ Tổng cục Kỹ thuật
• Đảng bộ các đơn vị trực thuộc Cục Hậu cần (tương đương cấp Tiểu đoàn và Trung đoàn)
• Chi bộ các cơ quan đơn vị trực thuộc các đơn vị cơ sở (tương đương cấp Đại đội)

Ban Thường vụ của Cục Hậu cần gồmː

• Bí thư Đảng ủy Cục Hậu cầnː Phó Cục trưởng Cục Hậu cần đảm nhiệm
• Phó Bí thư Đảng ủy Cục Hậu cầnː Cục trưởng Cục Hậu cần đảm nhiệm.
• Ủy viên Thường vụ Cục Hậu cầnː Thường là các Phó Cục trưởng Cục Hậu cần còn lại.